OK Esta é realmente uma não resposta, mas há muita informação para um comentário e pode ser a única resposta.
Primeiro, aqui está um relatório de bug para este link
No entanto, não há correção
Heres algumas informações que eu encontrei Por que não abrir aplicativos como menu global de uso root?
Para que um aplicativo use o menu global, a variável de ambiente $ UBUNTU_MENUPROXY precisa ser definida para o nome da biblioteca menuproxy a ser usada. Por razões de segurança, esta variável é limpa ao usar o sudo, etc. para executar um programa como root.
Como um efeito colateral, isso indica quais programas são executados como root, caso contrário, nem sempre é claro que os itens no menu global pertencem a um programa em execução como root.
Como essas são boas razões para o comportamento atual, não espero que seja alterado.
Isso é tudo o que consegui encontrar para dar uma resposta curta
Não há nenhuma correção que pareça estar relacionada à segurança no Ubuntu e no root, provavelmente nunca haverá uma correção.
No entanto, se realmente te incomoda, você pode remover o menu global (menus de tarefas simples) e colocá-los nas janelas para todos os usuários, como este
sudo apt-get remove indicator-appmenu
E coloque de volta assim
sudo apt-get install indicator-appmenu
Se você quiser apenas removê-lo para determinados aplicativos, leia este link