Instalei recentemente o Ubuntu 13.04 e o VirtualBox 4.2.10-dfsg-0ubuntu2 com extensões de convidado instaladas e meus convidados do Windows7 executando no modo Seamless tiveram a parte inferior cortada. O botão Iniciar do Windows é um pouco mais alto, de modo que fica mais abaixo e esse bit visível é clicável. Isso não ocorreu em 12.04.
Parece que os limites contínuos do Virtualbox terminam muito altos (talvez eles iniciem no topo por trás do painel superior do Ubuntu) e os limites não estão em sincronia com o convidado do Windows, senão o menu Iniciar do Windows / barra de tarefas também aparecer mais alto e não cortado na parte inferior da tela.
Eu tentei ativar o modo de aceleração 3D para a vm, mas isso não ajudou.
EDITAR:
Vou tentar colocar isso de volta no repositório Ubuntu 13.04 e ver se isso resolve o problema.
ATUALIZAÇÃO: Restaurar menus globais não resolveu o problema.
ATUALIZAÇÃO (2013-05-02): Eu estava redimensionando a janela de um programa em execução no convidado do Windows 7 e quando meu cursor do mouse bateu na parte inferior da tela, parece que toda a área de trabalho do convidado se reduz. Mas isso deixou as coisas menos usáveis, então eu tive que reiniciar o guest vm. Eu suspeito que isso tenha algo a ver com a interação entre o painel superior do Unity e o Virtualbox, já que as partes afetadas são a altura do painel superior.
Eu tinha essencialmente o problema oposto, o Windows Host e um convidado do Ubuntu 13.03. No entanto, a resolução para o meu problema pode ser o que você precisa também - talvez definir a resolução dessa maneira no seu host Ubuntu resolverá o problema com o convidado do Windows:
Problema de resolução de tela no Ubuntu 13.04 instalado no Virtualbox
Tags virtualbox 13.04