O antivírus predominante para sistemas baseados em Linux é chamado clamav.
Você instala com
sudo apt-get install clamav
No entanto, isso não configura uma interface gráfica para ele, nem permite a varredura programada ou sob demanda - você tem que digitalizar manualmente através da linha de comando.
Portanto, há uma variedade de outras ferramentas que você pode usar para estender a funcionalidade do clamav.
Para começar, você pode tentar o clamtk, que é uma interface gráfica:
sudo apt-get install clamtk