Encontrei a solução, removi o comando setxkbmap do arquivo .bashrc
e o adicionei a este arquivo:
/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostart
Você tem que colocar um @
no começo da linha (eu me pergunto por que), então praticamente a linha que eu adicionei é assim:
@setxkbmap -option -option grp:rwin_switch,grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll de,gr
Observe que os comandos neste arquivo de auto-inicialização são executados sempre que o LXDE é iniciado (para todos os usuários). Se você precisar fazer algo assim apenas para um usuário, use este arquivo (não é necessário usar @
neste caso):
/home/*username*/.config/lxsession/LXDE/autostart