Aviso! Isso faz não dar uma resposta direta à sua pergunta, mas fornece uma solução alternativa com algum conteúdo bônus. Espero que ajude.
Você sempre pode instalar o Ubuntu no VirtualBox, fazer suas coisas lá e, como bônus, também testar seu Ubuntu modificado em um ambiente virtual antes mesmo de testá-lo em seu hardware real. A inicialização a partir de um USB virtual não é um problema, mas, tanto quanto me lembro, você precisa da versão do Oracle para o suporte a USB , que não está disponível no software de código aberto. Quando estou fazendo coisas como essa, sempre faço check e dou uma checada no VBox. É por isso que todos os Ubuntu personalizados que eu criei nunca falharam ao inicializar ou me causaram muita dor de cabeça na minha máquina.
Dê uma olhada no link (VBox é mencionado antes da subseção Solução de problemas). Certifique-se de ler também o artigo completo. Vale a pena.
É claro que o teste no VBox NÃO garante uma implantação 100% bem-sucedida, especialmente quando se trata de hardware (por exemplo, adicionar / remover algum driver), mas é definitivamente a maneira preferível de personalizar e melhorar sua qualidade.
EDITAR Para obter informações sobre a inicialização da EFI, consulte a resposta do @ Whaaaaaat. Além disso, veja o comentário do @ FirefoxMetzger sob esta resposta para a cadeia completa combinando o meu e a resposta do @Whaaaaaat para testar e inicializar o Ubuntu Live-USB personalizado.