Primeiro, ative a conta root definindo uma senha:
sudo passwd
Em seguida, habilite o login manual no LightDM (supondo 14.04):
sudo tee /usr/share/lightdm/lightdm.conf.d/50-allow-manual.conf <<EOF
[SeatDefaults]
greeter-show-manual-login=true
EOF
Reinicie o LightDM:
sudo service lightdm restart
Faça o login como root. Você terá que digitar o nome de usuário e a senha. Para ativar o login automático para o root:
sudo tee /usr/share/lightdm/lightdm.conf.d/51-auto-root.conf <<EOF
[SeatDefaults]
autologin-user=root
autologin-user-timeout=0
user-session=ubuntu
greeter-session=unity-greeter
EOF
service lightdm restart