O problema é que xdotool search --class "Conky" encontra várias janelas e resulta em várias identificações de janela - a primeira faz sentido neste local, mas a segunda é em um local onde o primeiro xdotool espera o próximo comando.
Você deve alterar a pesquisa xdotool search --class "Conky" para corresponder a apenas uma janela.
Se isso não for possível, você pode usar $(xdotool search --class "Conky" | head -n 1) para escolher apenas um deles, sem saber qual,
ou uma solução como xdotool: comando Desconhecido: 21043361