Eu acho que o que está acontecendo é que o comando xdotool interno está relatando vários IDs de janela. Portanto, o comando externo vê algo como xdotool windowactivate 12345678 21043361
e não sabe o que fazer com o segundo número.
Se você não se importar com a janela aberta do Nautilus ativada, poderá selecionar a primeira:
xdotool windowactivate $(xdotool search --onlyvisible --class nautilus | head -n 1)
Se você se importa, você pode querer selecionar mais com --title
ou --maxdepth
.
Para excluir a janela raiz, que é fornecida pelo Nautilus, isso deve funcionar:
xdotool windowactivate $(xdotool search --onlyvisible --class nautilus |
grep -vxF $(xwininfo -int -size -root |
sed -n 's/.*Window id: *\([0-9]\+\).*//p') |
head -n 1)