O KDE 4.13 agora usa o Baloo ao invés do Nepomuk para as buscas. Se você tiver a versão mais recente do KDE 4.13, poderá abrir a Pesquisa na área de trabalho e desmarcar a caixa "Ativar pesquisa na área de trabalho". Se a caixa de seleção não estiver presente, adicione seu diretório pessoal à lista de locais de pesquisa excluídos. Fazer isso efetivamente interromperá o indexador.
Veja este post para uma explicação mais detalhada do segundo método.