As contas mostradas na caixa de diálogo das contas de usuário são aquelas com um UID no intervalo UID_MIN to UID_MAX . As contas do sistema são aquelas com uids no intervalo SYS_UID_MIN a SYS_UID_MAX . Essas constantes são definidas em /etc/login.defs .
Se você não quiser que uma conta apareça na caixa de diálogo, crie-a como uma conta do sistema:
adduser --system [...] username
Se a conta do usuário já existir, você poderá reatribuir seu uid a um no intervalo do sistema:
usermod --uid 999 username
Note, no entanto, que esconder uma conta do diálogo de contas de usuário não lhe garante segurança alguma. A mesma informação exata pode ser obtida usando um simples cat /etc/passwd . Obscuridade não é segurança.