O rastreamento de pilha no seu console implica que é um problema com o próprio applet Java. O que leva a algumas possíveis respostas para o seu problema:
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É um problema com o próprio aplicativo Logisim. Talvez não seja compatível com um sistema operacional Linux ou talvez não seja compatível com sua versão do java ....
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O programa precisa ser executado com privilégios elevados (duvidosos) ou ser executado em um local onde possa gravar (mais provavelmente). Tente criar uma pasta para ela em algum lugar em seu diretório pessoal e executá-la dentro desse diretório
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É um problema com a versão do java que você está usando. Alguns aplicativos java não podem usar o open-jdk e devem usar o oracle jdk. Digitar
java -version
no console deve informar qual versão do java você possui. Se você tiver o openjdk instalado, você pode removê-lo e instalar o oracle jdk, fazendo o seguinte:sudo apt-get remove --purge openjdk* sudo apt-get install python-software-properties sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java sudo apt-get update sudo apt-get install oracle-java7-installer
(substitua o 7 na última linha por 6 ou 8, se preferir ter essas versões).
Você também pode precisar fazer o downgrade de sua versão do java, o que pode ser feito baixando um dos antigos versões desta página .