O GNOME SHell e o Unity 3D Shell são altamente intensivos em recursos. até meu laptop tem um hardware gráfico da AMD e eu experimento o mesmo atraso que você faz mesmo na sessão gnome-classic (embora isso seja apenas por cerca de 3-5 segundos no máximo, porque o gnome-classic é muito leve em recursos).
Seu problema pode ser porque os drivers do site da AMD não são atualizados e corrigidos regularmente. Usando esses drivers irá ajudá-lo a executar o hardware gráfico em seu laptop, mas eles vão causar alguns bugs e peculiaridades em seu sistema. Como o que você postou.
Por que você não experimenta os drivers de código aberto desenvolvidos pela comunidade removendo os drivers anteriores (faça uma pesquisa no google e obtenha como fazer isso no Ubuntu) e depois instalando as atualizações fglrx do centro de software? ? Eles podem funcionar para você. (Embora eu esteja pessoalmente muito satisfeito com os drivers do site da AMD. Eles têm algumas peculiaridades, mas funcionam bem para mim quase o tempo todo.