Acabei de me deparar com o mesmo erro. Suspeito que possa ter ocorrido durante uma falha recente, mas não posso confirmar isso.
Você pode tentar renomear a pasta (feche o Blender primeiro):
mv ~/.config/blender ~/.config/blender.old
Em seguida, abra o Blender. Quando eu tentei isso, o Blender regenerou a pasta com as permissões adequadas.
Geralmente, é recomendado evitar a execução de programas como root. Com uma base de código tão grande, um programa é obrigado a ter algumas áreas de comportamento indefinido (bugs) que, mesmo que não sejam mal-intencionados, podem ser perigosas para o seu sistema.