Foi o que fiz para que funcionasse:
echo i3 >> /etc/upstart-xsessions
Em seguida, adicionei uma entrada do i3 em /etc/X11/Xsessions.d/99upstart
(não sei se isso era realmente necessário).
Eu também precisava ter uma configuração init que iniciaria o i3, para isso você pode procurar por um existente, eu usei /usr/share/upstart/sessions/lxsession.conf
.
Feito.