Então eu finalmente descobri. Fui para minha instalação do Arch Linux e usei lsmod para encontrar qualquer módulo de kernel relacionado à criptografia que possa estar faltando. Eu encontrei twofish_common e twofish_generic (estou usando a cifra twofish) e adicionei ambos ao meu initramfs. Agora funciona.
Acho isso muito estranho porque funcionou antes da atualização e esses módulos não foram especificados. Oh bem eu tenho que trabalhar agora. Muito obrigado a qualquer um que tenha dado uma olhada e tenha tentado descobrir o que estava acontecendo!