Você pode usar a ferramenta scheduled tasks (do centro de software) para criar uma tarefa cron para executar rsync para copiar o que quiser para onde quiser, no horário que desejar. Como o rsync só copia arquivos novos ou modificados, você pode executá-lo todos os dias e nunca detectá-lo. O comando pode ser tão simples quanto
rsync -a --delete ~/ /backup-drive/daily.backup