O Skype 4.3 precisa do PulseAudio, então eu recomendo que você instale o Pulse Audio Volume Control (pavucontrol) do Lubuntu Software Center. ou tente:
sudo apt-get install pulseaudio
Em seguida, ele será aberto se você clicar com o botão direito do mouse no ícone de volume e escolher as configurações de controle de volume. Ele possui uma aba chamada gravação onde o Skype será mostrado se "Show Applications" for escolhido enquanto você estiver fazendo uma chamada, por exemplo, uma chamada de teste. Deveria mostrar que o seu microfone está funcionando.
Mais instruções são descritas em esta página de suporte do Skype para Linux.