PyGTK foi preterido em favor do PyGI + GTK. Por causa disso, uma versão do PyGTK para Python 3 nunca foi escrita.
Para usar o PyGI + GTK no Python 3, você precisa instalar o pacote python3-gobject e fazer
from gi.repository import Gtk
Para uma introdução rápida sobre como portar o código PyGTK para o PyGI + GTK, veja aqui:
Para um tutorial completo, veja aqui: