Meu pensamento depois de ouvir isso é que as imagens que você está tentando definir como papel de parede da área de trabalho contêm alguns dados EXIF que definem sua orientação.
Enquanto a foto deveria ter sido colocada de cabeça para baixo, os dados EXIF (que a câmera incluiu na foto) informam ao seu sistema que a foto foi tirada dessa forma e, portanto, exibe a imagem como deveria. Isso deve ser verdade para o gerenciador de arquivos e para o visualizador de imagens, no seu caso, mas não para o aplicativo que desenha sua área de trabalho.
Minha sugestão seria abrir a imagem em um programa como o Gimp, que irá abri-lo como está, girá-lo normalmente e substituir o original (ou salvá-lo como uma nova imagem) e defini-lo novamente como plano de fundo da área de trabalho.