Ah, aquele menu de aplicativos sempre irritante! Obrigado, @ vasa1, que parece ter feito o truque. Se alguém se deparar com isso, a solução é colar isso em uma janela de terminal:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.xsettings overrides '@a{sv} {"Gtk/ShellShowsAppMenu": <int32 0>}'
Eu não precisei reiniciar ou sair. Assim que reiniciei o gedit, o item de menu Preferences estava disponível.
(Pontos de bônus para qualquer um que saiba o que esse texto arcano @a {sv ...} significa!?)