Abra o arquivo / etc / fstab assim:
gksu gedit /etc/fstab
E encontre a linha referente à sua partição swap. No meu caso é:
/dev/sdb1 none swap sw 0 0
E eu comentei para ficar assim:
#/dev/sdb1 none swap sw 0 0
Depois disso, reinicie o computador e verifique por alguns minutos / horas de uso normal. Se funcionar bem, agora você pode usar o gparted para formatar a partição swap como quiser. Se você quiser usá-lo para windows, recomendo o formato FAT32 ou NTFS.
Se você tiver problemas, apenas reverta para o estado anterior, descomprometendo a linha de troca (removendo o símbolo "#"). E, claro, reformatar a partição para trocar o formato.