Não importa em que carregador de inicialização você está quando instala um sistema operacional em dois discos rígidos separados. Cada unidade terá seu próprio gerenciador de inicialização.
Você deve fazer sua BIOS para fazer você escolher na inicialização qual disco rígido inicializar.
Assim, você recebe um erro "não há esse dispositivo" porque um disco rígido separado está fora do escopo de qualquer carregador de inicialização.
Eu não sei muito sobre as configurações da BIOS para todos os computadores, mas, mexendo na configuração da BIOS, você deve resolver alguma coisa. (postar uma imagem quando você está preso)
Alternativa: Cada vez que o seu PC estiver inicializando, pressione repetidamente a tecla menu de seleção do dispositivo de inicialização (provavelmente F9, F10, F12 ou Esc) e escolha sua unidade preferida para inicializar a cada vez.