Eu tive exatamente esse problema com o Ubuntu 16.04. Eu resolvi isso instalando vários pacotes:
desktop-base
gnome-themes-standard
gnome-themes-standard-data
lightdm-gtk-greeter
lightdm-gtk-greeter-settings
unity-greeter-badges
Eu também reinstalei: ubuntu-desktop
e ubuntu-settings
, mas não acho que isso seja necessário. Agora, obtenho uma tela de login diferente, mas posso escolher o ambiente da área de trabalho a partir do painel superior (menu suspenso).