Para uma captura de tela rápida, você pode usar o programa de linha de comando scrot . Usá-lo é simples:
%código%
com a opção -s permitindo pegar uma seleção da tela.
Infelizmente, não sei como você pode redirecionar a saída para a área de transferência.
Outra opção é o uso de scrot filename.png -s . No entanto, este não permite a seleção interativa da região para tirar uma foto.
EDIT: Eu sempre esqueço desse jeito mais fácil. Se você tiver o Gimp instalado, é muito fácil capturar uma captura de tela usando xwd . É muito rápido e você pode editar sua imagem imediatamente ou copiá-la para a área de transferência.