Eu reinstalei o mongod-org, já que meus dados ainda permanecerão seguros.
O problema era que meu sistema não conseguia encontrar o mongod.service quando eu corri sudo service mongod status
.
Rodando isto corrigiu e restaurou o serviço:
sudo systemctl enable mongod
Então, tudo o que precisei fazer foi copiar minha configuração correta para /etc/mongod.conf
e executar
sudo service mongod restart