As versões de 64 bits do Ubuntu e suas derivadas não incluem as bibliotecas de 32 bits necessárias para executar o instalador. Isso pode ser verdade para outras distribuições de 64 bits. Antes de o instalador ser executado, você precisa instalar as ia32-libs.
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Muitas versões recentes de distribuições Linux de 64 bits, como Ubuntu, Xubuntu e outros derivados, não possuem as bibliotecas de 32 bits necessárias para a instalação dos instaladores da Microchip. Embora os aplicativos (MPLAB X IDE, MPLAB XC Compilers) sejam aplicativos de 64 bits, os instaladores não são. Se você tentar executar um instalador sem as bibliotecas de 32 bits, nada acontecerá.
Para instalar as bibliotecas, você pode tentar a instalação mínima:
sudo apt-get install libc6:i386
Se o acima não funcionar, você pode instalar as bibliotecas completas (escritas no Xubuntu 12.04):
sudo apt-get instala ia32-libs
As bibliotecas completas levam algum tempo para serem instaladas, mas podem ser úteis se você instalar outros programas a partir de binários.