Para os interessados, encontrei algumas soluções alternativas.
Muitos programas funcionarão sem instalações. Basta usar o playonlinux para instalar o programa que você está tentando mover e depois que ele configurar o drive virtual, você pode simplesmente movê-lo e fazer um atalho para o exe do seu programa.
Para outros que são específicos do registro, você pode encontrar as entradas de registro via boa e adicioná-las você mesmo. Consegui quase todos os meus programas funcionando agora. : D