Como o painel Configurações do Gnome é o aplicativo gnome-control-center
, você pode removê-lo executando sudo apt-get purge gnome-control-center
. Isso elimina os itens de configurações duplicadas do menu.
Dica: Eu não tenho idéia do porquê, mas na primeira vez removendo o centro de controle o apt queria instalar um monte de unidade e até mesmo o unity8, então verifique o que o apt-get fará antes de digitar Y
;)