Não se preocupe muito com a temperatura. Se a sua cpu estiver entre 45 / 65º C e a sua gpu estiver entre 70 / 80º C, tudo está OK (não é a melhor temperatura, mas está OK).
Instale seu driver gráfico nvidia no site oficial ou instale a inveja (a inveja fará isso automaticamente). Você pode instalar xsensors para acompanhar sua CPU e sua CPU gpu temp.
Para o nvidia gpu temp você tem os sensores do driver nvidia. Você pode instalar o pacote indicator-cpufreq para o controle de etapa de velocidade do intel e obter sua frequência de cpu mais baixa. Isso reduzirá o calor (estou usando).
sudo apt-get install indicator-cpufreq
PS: se você tiver o ubuntu 12.04 dist-upgrade para 13.04. Você ganhará melhor desempenho e menos uso de recursos.