Isso é possível editando o arquivo de metacity do tema que você está usando. Abra o terminal e digite
sudo gedit /usr/share/themes/Ambiance/metacity-1/metacity-theme-1.xml
Onde gedit
é seu editor de texto favorito e Ambiance
é o seu tema.
Próximo da parte superior do arquivo, no layout geral da janela , você verá algo assim:
<distance name="left_width" value="1"/>
<distance name="right_width" value="1"/>
<distance name="bottom_height" value="1"/>
Esses números indicam a espessura das bordas ao redor das janelas. Para se livrar das fronteiras, altere os três números para 0.