Aviso de isenção
Vou tentar responder da melhor maneira possível. Eu nunca tentei isso, então não posso ter certeza se o seguinte está correto.
Problemas potenciais
Se a partição casper-rw contiver atualizações do sistema (kernel, software atualizado, etc.) certamente isso não irá bem com o novo DVD.
Particularmente, alguns softwares são atualizados apenas entre versões, como o LibreOffice. Portanto, quaisquer patches para versões mais antigas do LibreOffice, para 13.04, não funcionarão para a versão mais nova que virá com 13.10.
Suas configurações pessoais salvas também podem estar desativadas, se o formato do arquivo de configuração tiver mudado entre as versões.
Opções
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Faça uma cópia de todos os seus dados pessoais e mantenha os dedos cruzados. Se as coisas vão para o sul (se não der certo) comece de novo com um novo casper-rw.
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Considere uma instalação completa na unidade USB. Supondo que seu computador possa inicializar diretamente a partir da unidade USB. Veja O que seria as diferenças entre uma persistente USB Live Session e um Ubuntu instalado em uma unidade USB? para vantagens de uma instalação completa.
Espero que isso ajude