Cada vez que você salva o documento, ele será automaticamente carregado para o Ubuntu One. Você não precisa excluí-lo manualmente. Na verdade, o Ubuntu tem um serviço que verifica muito regularmente (continuamente) se algo mudou em seus arquivos. Se um arquivo foi alterado, um diretório ou arquivo foi adicionado ou excluído, ele sincronizará automaticamente essas alterações para a nuvem do seu Ubuntu.
Se você ainda tiver dúvidas sobre o ubuntu, verifique a seção FAQ no ubuntu one. Aproveite!