Em geral, eu usaria o comando apt-file
(precisa ser instalado) para procurar por /etc/apache2/ports.conf: apt-file search ports.conf
. Isso fornecerá uma lista de pacotes, sendo um deles o apache2.2-common. Então agora você sabe qual pacote fornece o arquivo que você deseja substituir. Em seguida, você pode reinstalar esse pacote ou baixá-lo e examinar seu conteúdo manualmente.
Pode haver maneiras melhores de realizá-lo, mas, em geral, essa abordagem sempre o levará na direção certa, no mínimo.