Você salvou o arquivo de log gparted_details.htm quando isso ocorreu? Se sim, então seria muito útil recuperar se você puder postar o arquivo de log.
Eu suspeito que você possa ter encontrado o seguinte bug: Bug 686668 - A partição lógica crescente sobrepõe o final da partição estendida
Este problema foi corrigido no GParted 0.14.1.
Você pode resolver esse problema usando testdisk para ler a superfície do disco para determinar os limites corretos da tabela de partições . Certifique-se de que o testdisk encontre suas partições existentes corretamente antes de gravar qualquer alteração no disco.
Para particionamento futuro, sugiro que você use a versão mais recente do GParted (atualmente 0.16.1). Uma das maneiras mais fáceis de fazer isso é com GParted Live gravado em CD ou unidade flash USB.