Parece que você baixou as duas versões e agora tem as duas no seu PC. Em vez de baixar um novo, desinstale o antigo primeiro e depois instale o novo. Ou atualize o antigo, se possível. Então, para você, eu iria desinstalar (ambos) e reinstalar.
Instalei o Caliber usando o Ubuntu Software Center no Ubuntu Gnome 13.04. Então, eu sabia que há uma versão mais nova no site do Calibre, então eu instalei a versão mais nova seguindo as instruções do site. Tudo está bem, exceto que eu tenho dois ícones do Calibre. Como resolver isso?
Parece que você baixou as duas versões e agora tem as duas no seu PC. Em vez de baixar um novo, desinstale o antigo primeiro e depois instale o novo. Ou atualize o antigo, se possível. Então, para você, eu iria desinstalar (ambos) e reinstalar.