Uma das principais vantagens do wubi é que você não precisa reparticionar e, em seguida, pode desinstalá-lo com o Windows e recuperar todo o espaço no arquivo. Existe apenas como um arquivo (root.disk) dentro da partição Windows NTFS.
Se você tiver uma partição separada, é realmente melhor fazer uma instalação de inicialização dupla completa para essa partição, até mesmo o desenvolvedor do wubi espera que você faça isso. Do desenvolvedor do wubi:
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Agostino: Wubi na verdade não foi projetado para instalações de longo prazo. O principal objetivo era permitir que as pessoas experimentassem o Ubuntu com confiança. Normalmente, os usuários que iniciam com o Wubi tendem a atualizar para uma instalação completa em uma partição dedicada no próximo ciclo de lançamento.
Mais informações sobre o wubi: