Sim.
O Wubi usa o gerenciador de boot do Windows (existe apenas um). E é isso que você está usando para inicializar em suas diferentes instalações do XP.
Tenho uma pergunta sobre o instalador do Windows: link Se hoje eu tiver dois instalações distintas do Windows XP (uma em inglês e outra em russo) e quando eu inicializo, posso escolher entre a instalação em inglês e russo, depois de instalar o Ubutnu Windows Installer, poderei selecionar entre inglês / russo e Linux?
Sim.
O Wubi usa o gerenciador de boot do Windows (existe apenas um). E é isso que você está usando para inicializar em suas diferentes instalações do XP.