Isso acontece porque o Ubuntu não possui um bloco de palma. Então, para usar a caneta para fazer anotações, desative primeiro o toque. Também aumente o limite da caneta para 60 (padrão 20). Na execução do terminal:
xinput disable 'Atmel Atmel maXTouch Digitizer'
xinput set-prop "MICROSOFT SAM" "Evdev Third Button Emulation Threshold" 60
Depois de concluir as anotações, ative o toque novamente executando:
xinput enable 'Atmel Atmel maXTouch Digitizer'