Eu uso este script que faz o que você quer.
Espero que você esteja preparado para remover ou adaptar algumas coisas
# #
# Conversor de vídeos a mp4 (x264) con ffmpeg# cargarme los log que puedan existentes
rm * .log -f
rm * .mbtree -fpara ARCHIVO em * .MTS;
fazeravconv -y -i $ ARCHIVO -s hd720 -deinterlace -b 2M -bt 4M -vcodec libx264 -pass 1 -flags + loop -me_method dia -g 250 -qcomp 0,6 -qmin 10 -qmax 51 -an / home /jcecilio/BK_MULTIMEDIA/COPIAS_HD/$ARCHIVO.mp4
avconv -y -i $ ARCHIVO -s hd720 -deinterlace -b 2M -bt 4M -vcodec libx264 -pass 2 -flags + loop -me_method umh -g 250 -qcomp 0,6 -qmin 10 -qmax 51 -acodec libvo_aacenc - ac 2 -ab 128k /home/jcecilio/BK_MULTIMEDIA/COPIAS_HD/$ARCHIVO.mp4
concluído