Abra o terminal e digite alsamixer, depois disso você verá o nível de saída dos fones de ouvido. Você pode aumentar ou diminuir o nível conforme necessário.
Acabei de instalar o Ubuntu 13.04 e obter som através dos alto-falantes do laptop, mas não através de fones de ouvido. Laptop: Asus K55VM-SX086D Fones de ouvido: JBL
Abra o terminal e digite alsamixer, depois disso você verá o nível de saída dos fones de ouvido. Você pode aumentar ou diminuir o nível conforme necessário.