Parece que você provavelmente usou o ecryptfs para criptografar seu diretório pessoal. É o "Criptografar seu diretório inicial?" opção durante a instalação.
Com esta opção ativada, seu diretório pessoal (incluindo .ssh / authorized_keys) não pode ser lido até que você tenha efetuado login uma vez (seja no Unity ou via SSH com uma senha). Isso aciona o ecryptfs a ser descriptografado e montado, tornando as authorized_keys legíveis novamente.
Solução alternativa: link