Bem, reinstalar o Windows não irá apagar os dados da sua instalação do Ubuntu, mas irá desfazer a configuração nas janelas, incluindo o gerenciador de inicialização.
Você pode tentar vários backups ou copiar "D: \ ubuntu \ disks \ root.disk" (ou qualquer outro), mas como você está começando com uma nova instalação do Windows, por que não ir em frente e fazer uma instalação tradicional do Ubuntu? também?
Como converter a instalação do Wubi em uma instalação normal?
Você pode decidir o que é mais fácil (migração vs. nova instalação), mas sugiro que você faça um backup dos dados primeiro, caso ocorra um erro.