Após a atualização para 13.04, a primeira coisa que notei foi que a fonte de título da janela (e todas as outras fontes de sistema padrão que eu gostei) foram substituídas por outras fontes. Além disso, a fonte do terminal realmente bagunçou o espaçamento e é definitivamente não a fonte que deveria ser. Eu verifiquei as configurações do sistema, e até Tweak disse que as fontes não eram serif .... por que isso? (Tentei desinstalar o Tweak; agora o grupo de configurações "Aparência / Comportamento" nem está disponível.)
Veja se isso se aplica ao seu caso. Ele corrigiu os problemas de espaçamento de fonte que eu estava tendo no Gnome Terminal e no Gvim.
Fontes corrompidas, todas parecem iguais
Eu usei o Syanptic para determinar a biblioteca não identificada. O seguinte esclareceu para mim.
$ sudo apt-get purge libpango1.0-common pango-graphite