Na sua partição inicial, todos os seus arquivos de configurações e arquivos pessoais são armazenados. Os arquivos de configurações ocultas podem ser mostrados no Nautilus pressionando Ctrl + h . Então, ao reinstalar o Ubuntu, com uma partição separada, você manterá suas configurações do Firefox, configurações do editor de texto, chaves ssh, fotos, documentos, etc. Mas sim, você precisará reinstalar os programas reais.
Outra vantagem pode ser que você tenha um pequeno SSD (talvez 60 GB) para o SO, e então você pode ter sua partição home em um HDD maior e separado, onde a velocidade não é tão essencial e o espaço é mais necessário.