você tentou isso:
apt-add-repository ppa:relan/exfat
apt-get install fuse-exfat
?
mais: link
Estou usando o Ubuntu v12.04.Ele funciona bem, mas eu não sou capaz de montar meu disco rígido externo.Ele diz que há um erro na montagem do disco rígido devido a exfat do sistema de arquivos desconhecido. Espero encontrar algumas soluções.