Suponho que você esteja se referindo à exclusão de arquivos / pastas no Caja, o explorador de arquivos mais comum no Ubuntu.
O "bug" ainda está presente no Ubuntu 16.04. Exceto que eles não vêem isso como um bug: se você excluir algo terminalmente, você será perguntado (se assim for escolhido nas configurações). Se é "apenas" sobre mover arquivos para a Lixeira, não há opção, e a tecla DEL é feliz para o gatilho.
(Sim, eu preferiria ser perguntado sobre isso também. Tudo para facilitar quase excluir um arquivo. E quem verifica completamente sua lixeira antes de esvaziar ocasionalmente?)