Atualização Parcial (e apt-get dist-upgrade) não atualiza seu sistema para a nova versão de desenvolvimento. Às vezes há certas cadeias de dependências que podem exigir uma atualização parcial (ou dist-upgrade) dos pacotes a serem instalados ou removidos, para garantir que a atualização funcione. Nesses casos, o atualizador de software diz que você precisa fazer uma "atualização parcial" (que talvez seja um texto muito ruim). Se você usa PPAs para vários pacotes, isso pode acontecer com mais frequência, já que o PPA pode divergir um pouco em quais dependências são usadas em alguns pacotes.
Você provavelmente deve ir em frente e fazer isso. O atualizador deve notificá-lo de quais pacotes extras serão instalados ou removidos (o apt-get dist-upgrade irá, com certeza), e a menos que haja um problema específico com isso, é seguro prosseguir com ele.