Como você tem um novo laptop, e como o seu laptop antigo não inicializa o Windows, sua melhor opção é simplesmente reinstalar o Ubuntu nele (12.04 ou 12.10). Use o disco inteiro e esqueça de excluir os arquivos do Windows do Ubuntu, etc. Esse é o caminho mais fácil.
Se você realmente deseja excluir os arquivos / partição do Vista sem reinstalar, basta usar disk utility
ou GParted e reformatar a partição do Vista. Abra qualquer programa, selecione a (s) partição (ões) do Vista e exclua-as.