Com base nos seus comentários e em alguns itens do Google, acho que pela aceleração 3D você quer dizer os efeitos extravagantes que as antigas versões do Ubuntu costumavam ter, por exemplo, janelas diminuindo quando você minimiza, mas também as coisas mais complicadas, como janelas instáveis. Acho que isso é algo diferente da aceleração 3D real, que você já ativou instalando e ativando os drivers proprietários.
Para fazer estes efeitos simples, por favor, veja a melhor resposta em O que aconteceu com a guia Efeitos visuais, na janela Aparência? Resumidamente, você pode usar o Gerenciador de Configurações CompizConfig (CCSM) para ativar os efeitos" 3D ". A seleção em Aparência foi removida, mas você ainda pode editar essas coisas manualmente.
As animações extravagantes (janelas bambas, etc) também estão no CCSM. Apenas tenha cuidado ao alterar essas configurações e brincar, se você alterar as configurações erradas você irá quebrar o Compiz e terá que redefinir para os padrões, como explicado em Como faço para redefinir minha configuração do Unity?
Se eu entendi mal por favor poste aqui.