Eu removi toda a instalação do MonoDevelop do Synaptic e instalei do Software Center, que instalou a mesma versão do MonoDevelop: 3.0.3.2. Funciona bem agora.
O Synaptic é muito poderoso e mostra mais do que o Centro de Software, mas requer conhecimento detalhado de todos os pacotes necessários para uso correto.
Eu também tentei instalar com o apt-get no topo da instalação do Synaptic, mas não encontrei nada faltando e nada para fazer.